La historia comienza en los monasterios del siglo IX, donde se necesita economizar letras y pergamino. Así pues, para el par «nn» se empezó a utilizar una ligadura formada por una ene con una ene más pequeña en su parte superior llamada virgulilla. Con la evolución caligráfica esta virgulilla acabó siendo una raya. Y con la evolución de la lengua en España se adoptó este nuevo sonido como una letra independiente como pasó en otros muchos países con la uve doble.
De esta forma en el siglo XV se comenzó a identificar la eñe y su sonido como algo propio del castellano por no existir precedente en griego, latín o árabe.
La eñe es la decimoséptima letra del abecedario español, que representa un fonema consonántico de articulación nasal y palatal.